摘要
旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选奶山羊不同生理阶段乳腺发育的关键基因.本研究从G EO数据库中下载奶山羊不同生理阶段(妊娠46天、70天、90天、110天和产后40天)的乳腺组织微阵列数据集GSE14008,使用R语言的WGCNA包对数据进行共表达分析.将得到的模块与生理阶段进行关联分析,选择目标模块,并根据连接度选出枢纽基因.使用DAVID网站对模块进行富集分析后,使用String网站构建模块的蛋白互作网络,并使用Cytoscape软件得到核心基因,最终与枢纽基因取交集得到目标基因.对18个样本的8443个基因进行加权基因共表达分析,得到30个模块,并选出4个与不同生理阶段相关的目标模块及每个模块的30个枢纽基因,同时也得到4个模块的蛋白互作网络及每个网络的20个核心基因.最终,4个模块共得到13个与乳腺发育相关的目标基因(UQCR、RGL2、NOTCH1、PTBP1、PPP5C、FZR1、UBE2L3、TNF、MAT2A、ITGB2、GPR18、JAK1、CSN2).本研究通过WGCNA、GO富集分析和PPI网络等生物信息学技术,阐明了不同生理时期乳腺发育的关键过程,及在这些过程中起关键作用的基因,这为进一步研究乳腺发育机制提供了新的思路和线索.
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