摘要
旨在系统鉴定猪基因组中的环状RNAs(circular RNAs,circRNAs),并对其分子特征进行分析.本研究采集长白、通城和五指山猪16个发育阶段(妊娠33、40、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100和105 d的胚胎以及出生后0和10 d)9种不同组织(背最长肌、心、脾、肺、肝、肾、胃、小肠和腿肌)样品,提取RNA再进行等量混合,构建链特异性转录组文库后,利用Illumina Genome Analyzer II平台进行测序,共获得1.18亿条总reads.采用CIRI2软件鉴定circRNAs,再利用生物信息学工具对鉴定的circRNAs进行分子特征分析.结果,共鉴定了8486条circRNAs,其主要分布在1、6和13号染色体,91％ 的circRNAs为外显子型,平均长度为350 nt,平均GC含量为47.11％,每条染色体上的circRNAs数目与mRNAs数目显著正相关(R=0.84,P=1.285×10-5).最后,筛选出3条与骨骼肌生长发育相关的circRNAs(sus-MYH2_0025、sus-CDK13_0002和sus-FANCL_0003).分析结果表明,sus-MYH2_0025具有高度的组织特异性,sus-CDK13_0002在猪、人和小鼠中高度保守,sus-FANCL_0003在猪和大鼠中高度保守.本研究利用转录组数据在猪基因组中对circRNAs进行系统鉴定和分子特征分析,为circRNA的功能和机制研究提供了丰富的信息,并为猪分子育种提供新的潜在候选基因.
基金项目
广东省重点领域研发计划(现代种业)项目(2018B020203002)
广东省重点领域研发计划(现代种业)项目(2018B020203003)
国家自然科学基金(31830090)
转基因生物新品种培育重大专项(2016ZX08009-003-006)
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