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藏猪源捷申病毒的检测和遗传演化分析

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旨在调查四川地区藏猪捷申病毒(porcine teschovirus,PTV)的流行及分子特征和遗传演化.用RT-PCR法对2017-2018年采自四川省甘孜藏族自治州康定市14个藏猪场96份粪便样品进行检测,并对全基因组进行序列分析和基因分型.PCR检测结果表明,PTV核酸阳性率为20.8％(20/96,95％CI= 13.2％～30.3％),14个规模藏猪场中PTV猪场阳性率为57.1％(8/14,95％CI=28.9％～82.3％),并从2份阳性样本中获得了2条近似全长的PTV全基因组序列,分别命名为SWU-E5-2018和SWU-ZG2-2018,核苷酸序列相似性为83.1％.通过VP1序列分析发现2条序列的血清型分别为3型和6型.通过基因重组分析发现SWU-E5-2018存在重组现象,重组区域位于衣壳蛋白基因Pl的552-3 082 nt处.为了进一步研究2条PTV序列的演化过程,以贝叶斯进化分析软件进行分歧时间估算,结果表明,SWU-E5-2018的分歧时间约为2010年,SWU-ZG2-2018的分歧时间约为2011年.本研究首次对藏猪源PTV进行了初步调查,结果表明藏猪中存在一定程度的PTV感染,为深入研究藏猪源PTV遗传变异及其生物学特性提供了参考依据.
Detection and Genetic Evolution of Teschovirus of Tibetan Pig Origin in Sichuan

王丽瑄、周群、付能胜、曹慧、何欣怡、方鹏飞、胡承哲、张斌

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西南民族大学畜牧兽医学院,成都610041

华派生物工程集团有限公司,成都610000

青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部/四川省重点实验室,成都610041

藏猪 捷申病毒 基因组 重组分析 分子钟

四川应用基础研究计划国家自然科学基金西南民族大学研究生创新科研项目

2020YJ024731772766CX2020SZ67

2021

10.11843/j.issn.0366-6964.2021.01.019

畜牧兽医学报
中国畜牧兽医学会

畜牧兽医学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.729
ISSN：0366-6964
年,卷(期)：2021.52(1)
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