摘要
旨在通过分析猪CA5B(线粒体碳酸酐酶 VB,carbonic anhydrase 5b,mitochondria;CA5B/CA VB/Car5b)基因的序列特征和时空表达,解析CA5B对猪组织器官发育和代谢的影响.本研究采集6头240日龄贵州猪(公、母各3头)的心、肝、脾、肺、肾、皮下脂肪、背最长肌、睾丸、卵巢,采集通城猪和长白猪27个生长发育时间点(出生前33、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105d 和出生后0、9、20、30、40、60、80、100、120、140、160、180 d)(每个品种3头)的骨骼肌,提取上述组织器官RNA进行转录组测序,分析CA5B基因的组织表达谱以及骨骼肌27个生长发育时间点的时序表达;基于NCBI数据库中CA5B蛋白序列,进行物种间的保守性分析,构建系统进化树,分析蛋白互作网络;通过Targetscan、PicTar和miRanda等软件预测与CA5B结合的潜在miRNAs,并在猪RNA编辑数据库中分析CA5B基因潜在的RNA编辑位点.结果发现,CA5B基因在猪、人、小鼠、猴、牛、马、山羊、绵羊、狗和猫中高度保守,相对于小鼠而言,猪CA5B蛋白优先与人聚为一类.CA5B蛋白与线粒体跨膜运输蛋白、类肌球蛋白卷曲螺旋蛋白、细胞色素家族等互作;CA5B在猪的脂肪、睾丸以及卵巢中高表达,在骨骼肌生长发育过程中胚胎期的表达高于出生后阶段:靶标预测结果表明,CA5B可能受ssc-miR-22-5p调控(P＜0.05);此外,CA5B还存在3个RNA编辑位点.结果提示,CA5B可能在猪骨骼肌生长发育和能量储存利用中起重要作用.
基金项目
广东省重点领域研发计划(2018B020203002)
广东省重点领域研发计划(2018B020203003)
国家自然科学基金(31830090)
转基因生物新品种培育重大专项(2016ZX08009-003-006)
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