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猪CA5B基因的序列特征和表达分析

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旨在通过分析猪CA5B(线粒体碳酸酐酶 VB,carbonic anhydrase 5b,mitochondria;CA5B/CA VB/Car5b)基因的序列特征和时空表达,解析CA5B对猪组织器官发育和代谢的影响.本研究采集6头240日龄贵州猪(公、母各3头)的心、肝、脾、肺、肾、皮下脂肪、背最长肌、睾丸、卵巢,采集通城猪和长白猪27个生长发育时间点(出生前33、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105d 和出生后0、9、20、30、40、60、80、100、120、140、160、180 d)(每个品种3头)的骨骼肌,提取上述组织器官RNA进行转录组测序,分析CA5B基因的组织表达谱以及骨骼肌27个生长发育时间点的时序表达;基于NCBI数据库中CA5B蛋白序列,进行物种间的保守性分析,构建系统进化树,分析蛋白互作网络;通过Targetscan、PicTar和miRanda等软件预测与CA5B结合的潜在miRNAs,并在猪RNA编辑数据库中分析CA5B基因潜在的RNA编辑位点.结果发现,CA5B基因在猪、人、小鼠、猴、牛、马、山羊、绵羊、狗和猫中高度保守,相对于小鼠而言,猪CA5B蛋白优先与人聚为一类.CA5B蛋白与线粒体跨膜运输蛋白、类肌球蛋白卷曲螺旋蛋白、细胞色素家族等互作;CA5B在猪的脂肪、睾丸以及卵巢中高表达,在骨骼肌生长发育过程中胚胎期的表达高于出生后阶段:靶标预测结果表明,CA5B可能受ssc-miR-22-5p调控(P＜0.05);此外,CA5B还存在3个RNA编辑位点.结果提示,CA5B可能在猪骨骼肌生长发育和能量储存利用中起重要作用.
Sequence Characteristics and Expression Analysis of CA5B Gene in Pigs

郭晋、范新浩、杨亚岚、梁国明、唐中林

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中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京100193

中国农业科学院农业基因研究所,广东岭南现代农业科学与技术实验室,深圳518120

猪 CA5B 时空表达 序列特征 miRNA RNA编辑

广东省重点领域研发计划广东省重点领域研发计划国家自然科学基金转基因生物新品种培育重大专项

2018B0202030022018B020203003318300902016ZX08009-003-006

2021

10.11843/j.issn.0366-6964.2021.02.005

畜牧兽医学报
中国畜牧兽医学会

畜牧兽医学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.729
ISSN：0366-6964
年,卷(期)：2021.52(2)
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