摘要
旨在研究马身猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构.本研究利用Illumina CAUPorince 50K SNP芯片检测39头保种马身猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP);采用Plink软件计算最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度和期望杂合度,分析保种群体的遗传多样性;采用Plink软件构建状态同源(identity by state,IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),采用Gmatix软件构建G矩阵,分析保种群体的亲缘关系;采用Mega X软件构建群体进化树,分析保种群体的家系结构.结果显示,39头保种马身猪中共检测到43832个SNPs位点,平均基因型检出率为0.9801;通过质控的SNPs位点有28859个,其中72.4％具有多态性,该款SNP芯片适用于分析马身猪的遗传多样性.有效等位基因数为1.5634,多态信息含量为0.412,最小等位基因频率为0.258,表明马身猪保种群体的遗传多样性比较丰富;平均观察杂合度为0.3541,平均期望杂合度为0.3499,说明马身猪保种群体出现了分化;平均IBS遗传距离为0.2842,其中公猪为0.2852,IBS距离矩阵和G矩阵结果均表明部分种猪之间存在亲缘关系;ROH共有8131个,其中46.15％的长度在400～600Mb之间,平均近交系数为0.237,说明保种群体的近交程度高;群体进化树结果表明,马身猪保种群体来源于3个家系,各家系的个体数量差异明显.马身猪保种群体的遗传多样性较丰富,但近交程度高,家系少,各家系的个体数量差异大,容易引起遗传多样性的丢失,因此,需从原种场引入新的血统,扩大保种群体数量,降低近交系数.
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