畜牧兽医学报2021，Vol.52Issue(5) ：1267-1277.DOI:10.11843/j.issn.0366-6964.2021.05.013

中国肉用西门塔尔牛生长曲线参数的全基因组关联分析

Genome-wide Association Study of Growth Curve Parameters in Chinese Simmental Beef Cattle

段星海 安炳星 杜丽丽 常天鹏 梁忙 杨柏高 高会江 俄广鑫
畜牧兽医学报2021，Vol.52Issue(5) ：1267-1277.DOI:10.11843/j.issn.0366-6964.2021.05.013
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中国肉用西门塔尔牛生长曲线参数的全基因组关联分析

Genome-wide Association Study of Growth Curve Parameters in Chinese Simmental Beef Cattle

段星海 1安炳星 2杜丽丽 2常天鹏 2梁忙 2杨柏高 3高会江 2俄广鑫3
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作者信息

  • 1. 西南大学动物科学技术学院,重庆400715;中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京100193
  • 2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京100193
  • 3. 西南大学动物科学技术学院,重庆400715
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摘要

旨在通过对中国肉用西门塔尔牛纵向体重性状的全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),定位与肉牛生长发育性状显著关联的候选基因.本研究利用808头中国肉用西门塔尔牛公牛0、6、12、18月龄的纵向体重数据,采用Gompertz、Logistic和Brody 3种非线性模型拟合个体的体重预测模型,估计参数A(成熟体重)、b(达到最大生长率的时间)和K(成熟率),然后以参数值为表型,BovineHD(770K)芯片数据质控后剩余671991个SNPs,利用GAPIT进行关联分析,结合基因注释筛选影响肉牛发育的候选基因.选取拟合度最高的Gompertz模型(R2=0.954)确定相应参数估计值,GWAS共筛选到了9、49和7个显著的SNPs分别与A、b和K关联,且主要分布在2、3、7、9、11、14、22和25号染色体上.基因注释结果发现,PLIN3、KCNS3、ANGPTL2和ALPL与生长发育过程相关,其中KCNS3被认为是肌内脂肪含量的候选基因;IGF-1、TMCO1、PRKAG3和SHISA9影响肌肉发育过程,其中IGF-1被报道为生长发育过程的核心调控元件;ASPH基因参与调控肉牛胴体发育和肉质性状.本研究利用体重预测模型的参数估计值作为表型进行GWAS分析,定位到了一些与生长发育性状相关的候选基因,为其他纵向数据的研究提供了参考,也为调控肉牛生长发育进而提高产肉量的育种工作提供了新的候选分子标记.

关键词

纵向数据/生长曲线/全基因组关联分析/基因功能注释

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基金项目

国家自然科学基金(31872975)

国家肉牛牦牛产业技术体系(CARS-37)

出版年

2021
畜牧兽医学报
中国畜牧兽医学会

畜牧兽医学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.729
ISSN：0366-6964
被引量5
参考文献量5
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