畜牧兽医学报2021，Vol.52Issue(7) ：1953-1962.DOI:10.11843/j.issn.0366-6964.2021.07.017

非洲猪瘟病毒解旋酶D1133L基因序列分析、蛋白结构预测及亚细胞定位

Gene Sequence Analysis,Protein Structure Prediction and Subcellular Localization of African Swine Fever Virus Helicase D1133L

侯景 申超超 张大俊 杨博 史喜绢 张婷 崔卉梅 袁兴国 赵登率 陈学辉 张克山 郑海学 刘湘涛
畜牧兽医学报2021，Vol.52Issue(7) ：1953-1962.DOI:10.11843/j.issn.0366-6964.2021.07.017
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非洲猪瘟病毒解旋酶D1133L基因序列分析、蛋白结构预测及亚细胞定位

Gene Sequence Analysis,Protein Structure Prediction and Subcellular Localization of African Swine Fever Virus Helicase D1133L

侯景 1申超超 1张大俊 1杨博 1史喜绢 1张婷 1崔卉梅 1袁兴国 1赵登率 1陈学辉 1张克山 1郑海学 1刘湘涛1
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作者信息

  • 1. 中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室农业农村部畜禽病毒学重点开放实验室国家口蹄疫参考实验室,兰州730046
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摘要

旨在通过预测分析和亚细胞定位研究非洲猪瘟病毒(ASFV)D1133L基因结构、亚细胞定位与功能间的关系.作者使用Mega6.0软件绘制了 7株不同基因型的D1133L解旋酶和ASFV编码的其他5个解旋酶基因的系统进化树,使用EXPASY、PRABI和SWISS-MODEL软件预测了该基因所编码蛋白序列的二、三级结构;根据GenBank公布的ASFV序列(LR743116.1),合成D1133L基因并构建其重组真核表达质粒pCMV-D1133L,蛋白免疫印迹(Western blot,WB)验证该基因表达后,将重组质粒转染至PK-15细胞,应用间接免疫荧光试验(indirect immunofluorescence assay,IFA)研究了该蛋白的亚细胞定位.结果表明,通过ASFV解旋酶的基因系统进化树,发现5种解旋酶基因均相对保守.D1133L基因全长3 402 bp,表达的蛋白为124.63 ku,G+C含量为6.1％,A+T含量为10.6％;二级结构分析表明α螺旋占48.90％,扩展链占13.50％,无规卷曲为33.27％;三级结构分析表明六自由度结构(six degree of freedom,QMQE)为0.20,覆盖率84％,且预测以α螺旋为主的高级结构;通过LOCS-VMPSI分析预测,显示D1133L蛋白定位于细胞核内与细胞质内的概率是相同的.WB结果显示pCMV-D1133L质粒正常表达,IFA试验证明ASFV编码的解旋酶D1133L同时分布于细胞核和细胞质.本研究通过对D1133L基因序列、结构功能预测,并通过IFA验证了 D1133L亚细胞分布,为进一步揭示D1133L基因功能奠定了一定基础.

关键词

非洲猪瘟病毒/解旋酶/D1133L基因/序列分析/结构预测/亚细胞定位

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基金项目

出版年

2021
畜牧兽医学报
中国畜牧兽医学会

畜牧兽医学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.729
ISSN：0366-6964
被引量8
参考文献量1
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