摘要
ZBED6基因作为一个转录因子,能够与IGF2结合进而调节肌肉的生长发育.但其在脾生长发育中的作用尚不清楚,本研究利用RNA-seq测序技术比较ZBED6基因敲除巴马香猪(ZBED6-KO)和同日龄野生型巴马香猪(WT)的脾组织转录组,探究ZBED6基因对巴马香猪脾组织的发育影响.利用t检验对ZBED 6-KO猪和WT猪脾组织大小的表型差异及ZBED6直接调控的靶基因IGF2的表达量进行显著性分析.提取ZBED6-KO猪和WT猪脾组织的总RNA,在Illumina Hiseq 2500平台进行RNA-seq分析.以猪Susscrofa11.1为参考基因组,用转录组分析的标准流程筛选ZBED6-KO猪和WT猪脾组织中的差异表达基因.用DAVID在线网站对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析.然后,随机选取7个差异表达的基因,利用实时荧光定量PCR技术验证测序结果的准确性与可靠性.结果 显示,与WT猪相比,ZBED6-KO猪脾的重量和IGF2基因表达量均显著增加(P＜0.05),表明ZBED6基因的敲除对巴马香猪脾组织的生长发育有一定的促进作用.测序结果显示,各样本至少获得4G的数据量,每个样本的Clean Ratio及Q30比率均在90％以上,83.94％以上的reads可比对在猪的参考基因组上,表明测序数据质量良好,真实可靠;对测序数据进行转录组分析,共筛选到161个差异表达基因,其中上调基因90个,下调基因71个;差异表达基因的层次聚类分析显示,ZBED6-KO猪的3个个体(spleen1、spleen3、spleen6)的表达模式相似,WT的3个个体(spleen2、spleen4、spleen5)的表达模式相似,进一步证明测序数据的准确可靠;GO和KEGG富集分析中,富集到10条显著的GO条目以及5条显著的信号通路,2条与肌肉发育相关的通路;实时荧光定量PCR试验随机检测7个差异表达基因的表达模式与RNA-seq分析结果相一致,证实了测序数据的可靠性.以巴马香猪为模型,利用RNA-seq技术研究ZBED6基因的敲除对中国地方猪脾发育的作用影响,为挖掘ZBED6基因的更多功能提供了基础.
基金项目
国家家养动物种质资源平台项目(2014)()
中国农业科学院科技创新工程项目(cxgc-ias-01)
国家科技期刊平台
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