旨在调查四川地区藏猪戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)的流行情况和遗传演化,作者用RT-PCR法对2018-2020年采集自四川省甘孜藏族自治州和阿坝藏族自治州的22个藏猪场332份藏猪粪便样本进行HEV检测,并对阳性样本进行基因分型.RT-PCR检测结果表明HEV核酸阳性率为20.48％(68/332,95％CI=16.3％～25.2％),22个规模藏猪场中HEV猪场阳性率为77.27％(17/22,95％CI=54.6％～92.2％),健康样本阳性率为2.86％(3/105,95％CI=0.6％～8.1％),腹泻样本阳性率为28.63％(65/227,95％CI=22.8％～35.0％),系统进化分析显示所有阳性株均为G4型.为了进一步研究该地区流行毒株的演化过程,以贝叶斯进化分析软件进行分歧时间估算,结果表明,藏猪流行毒株的分歧时间最早为1999年,最晚为2016年.并分别从每年的样本中挑选1份阳性样本得到全基因组序列,核酸序列相似性为89.5％～93.1％.通过对3条全基因组重组分析发现SWU/301/2019存在重组现象,SWU/301/2019重组区域位于ORF1的3746-4655 bp.本研究首次对四川地区藏猪源HEV进行调查,结果表明四川藏猪中存在一定程度的HEV感染,为四川地区对藏猪感染HEV的防治以及深入研究四川藏猪源HEV遗传变异及生物学特性提供了参考依据.
Detection and Genetic Evolution of Hepatitis E Virus in Tibetan Pigs in Sichuan
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