玉米和甘蔗是西南地区两种重要的禾本科农作物,而病毒病的常年发生严重威胁着玉米和甘蔗的生产.从四川攀枝花田间采集表现花叶、褪绿、斑驳或矮化等病毒病症状的玉米样品54份和甘蔗样品42份,用小RNA深度测序结合反转录聚合酶链式反应进行病毒检测,以明确引起该地区玉米和甘蔗病毒病的病原.结果显示:从玉米病株上检测到甘蔗花叶病毒(sugarcane mosaic virus,SCMV)、玉米黄花叶病毒(maize yellow mosaic virus,MaY-MV)和留尼旺玉米线条病毒(maize streak Reunion virus,MSRV),3种病毒的检出率分别为66.7％,59.3％和3.7％;从甘蔗病样中检测到SCMV(52.4％)、甘蔗瓜德罗普杆状病毒A(sugarcane bacilliform Guadeloupe A virus,SCBGAV)(76.2％)和高粱花叶病毒(sorghum mosaic virus,SrMV)(28.6％).鉴于SCMV在玉米和甘蔗田间样品中的高检出率,利用其外壳蛋白基因对SCMV四川分离物的遗传变异进行综合分析.系统发育分析表明:120个SCMV中国分离物被分为5组,且其进化分组表现出宿主和地理起源的相关性,来源于玉米的SCMV四川分离物主要被聚入C组,而来源于甘蔗的SCMV四川分离物被聚入E组.核苷酸多样性分析表明:来源于玉米和甘蔗的SCMV四川分离物群体间变异度较高.FST测试表明:四川和云南两地SCMV群体间存在频繁基因流,且群体统计分析结果显示SCMV四川和云南分离物群体存在潜在的扩张趋势.该研究是对四川玉米和甘蔗上病毒病原的综合鉴定,也是对SCMV四川分离物遗传变异情况的首次报道,为SCMV病毒病的防控提供了重要参考依据.
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