摘要
为探明叶菜型甘薯叶绿体基因组特征及其与番薯属植物的亲缘关系,以叶菜型甘薯'福菜薯18号'为试验材料,利用BGISEQ-500平台和Oxford Nanopore Technologies单分子测序技术对全基因组进行建库测序,并组装其叶绿体基因组.结果显示:叶菜型甘薯叶绿体基因组全长161 387 bp,具有典型的环状四分体结构,其大单拷贝区(large single copy,LSC)、小单拷贝区(small single copy,SSC)和 2 个反向重复序列(inverted repeat,IR)的长度分别为87 597,12 052和30 869 bp.注释共得到132个基因,包含87个蛋白编码基因,8个rRNA基因,37个tRNA基因.在叶菜型甘薯叶绿体基因组中共搜索到54个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基序个数分别为32,4,3,11,2和2个.系统进化分析表明,叶菜型甘薯与甘薯四倍体野生种Ipomoea tabascana和二倍体野生种Ipomoea trifida具有较近的亲缘关系.
基金项目
财政部和农业农村部国家现代农业产业技术体系项目(CARS-10-B14)
福建省人民政府-中国农业科学院农业高质量发展超越"5511"协同创新工程项目(KXXYJBG0039)
福建省属公益类科研院所基本科研专项(2021R1031011)
维普
万方数据