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甘薯近缘种三浅裂野牵牛核基因组密码子分析

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三浅裂野牵牛(Ipomoeatrifida)是甘薯的亲缘关系较近野生种之一.分析了三浅裂野牵牛的32264个具有完整编码框的核基因组基因,长度为165～15273个核苷酸.根据基因在根、茎、叶中的表达量,选择1382个低表达基因和1644个高表达基因.利用CodonW软件分析发现,总基因的密码子有效数(ENC)为53.04,低表达基因的为52.80,高表达基因的为52.01.在总基因、低表达基因和高表达基因中分别发现了3个、9个和5个高频密码子.对低、高表达基因密码子的偏好性分析发现,高表达基因的进化速度低于低表达基因的.研究丰富了植物基因密码子理论,为转基因研究中密码子的优化提供了依据.
Analysis of nuclear genome codon in sweetpotato relatives Ipomoea trifida

秦桢、侯夫云、张安、李爱贤、董顺旭、王庆美

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山东省农业科学院 作物研究所/农业部黄淮海薯类科学观测实验站 ,山东 济南 250100

江苏徐州甘薯研究中心 ,江苏 徐州 221131

三浅裂野牵牛 高频密码子 基因进化

国家重点研发计划资助项目国家重点研发计划资助项目现代农业产业技术体系建设专项资金山东省现代农业产业技术体系薯类创新团队建设项目山东省农业科学院作物研究所学科团队建设项目

2018YFD1000701-52018YFD1000705CARS-10-B07SDAIT-16-04CXGC2018E01

2019

江苏师范大学学报(自然科学版)
江苏师范大学

江苏师范大学学报(自然科学版)

影响因子：0.323
ISSN：1007-6573
年,卷(期)：2019.37(3)
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