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杭白菊CmbHLH96的克隆及生物信息分析

Cloning and bioinformatics analysis of CmbHLH96 in 'Hangbai'

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bHLH是一种转录因子,在植物生长发育过程中起着重要作用.该试验以杭白菊试管苗叶片为材料,提取RNA反转录成cDNA,设计特异引物克隆CmbHLH96基因,其全长1203 bp,最大开放阅读框(ORF)918 bp,编码306个氨基酸序列,分子量1121.74 KD,理论等电点5.06,不稳定系数35.95,平均亲水性0.75,脂肪系数33.65.分析CmbHLH96蛋白结构域发现,其包含1个Helix-Loop-Helix结构域;对Cm-bHLH96蛋白二级、三级结构预测的结果它们主要由α螺旋、无规则卷曲和延伸链构成,分别占25.82％、14.71％和59.48％.亚细胞定位预测CmbHLH96可能定位在细胞核中.通过在NCBI上进行BLAST对比并构建系统进化树,结果发现CmbHLH96与青蒿同源蛋白亲缘关系比较近.miRNA预测显示CmbHLH96基因受miR7696调控.

何子涵、张佳凝、全英杰、任镘蓉、杨雯婷、高日

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延边大学 农学院,吉林 延吉 133002

杭白菊 CmbHLH96 基因克隆 miRNA

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320606962020FG31延大科合字2020延大科合字 2017第21号KF201902

2021

10.13478/j.cnki.jasyu.2021.04.006

延边大学农学学报
延边大学

延边大学农学学报

影响因子：0.559
ISSN：1004-7999
年,卷(期)：2021.43(4)
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