色季拉山有种子植物1 391种,隶属于491属,103科.其中裸子植物3科,9属,16种;被子植物100科,482属,1375种.色季拉山种子植物属的区系成分以温带成分为主,达324属,占总属数的73.4 %,在植物区系的组成中居重要位置.种的区系成分以中国特有种占比例最大(573种,占总种数的41.49 %),它们多是构成色季拉山优势植被类型的建群种和优势种的主要成分.类平均聚类分析表明,色季拉山种子植物区系与纬度偏北的太白山、中条山、太行山和太岳山植物区系比较接近,与纬度相近的庐山、木林子、神农架等植物区系差异较大.
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