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金铁锁转录组SSR的分布及其序列特征

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[目的]分析云贵地区金铁锁转录组中SSR位点信息的分布及其序列特征,为SSR引物的大量开发奠定基础.[方法]以金铁锁嫩叶为材料,经转录组测序后,利用MISA软件进行de novo组装;使用Excel软件进行分析并用Primer 3软件设计引物.[结果]从77 942条Unigenes序列中共检测到6 660个微卫星位点,出现频率为8.54％,平均分布距离为401.64kb.检测到的SSR位点中以三核苷酸和二核苷酸出现频率最高,分别占58.69％和35.77％,而以五核苷酸最少(1.24％).AG/TC与GA/CT是二核苷酸的优势重复基元,分别占总基元的12.66％和10.45％.CTT/GAA和AAC/TTG在三核苷酸中出现频率最高,占总基元的3.71％和3.60％.根据转录组的测序结果,金铁锁转录组的SSR位点出现的频率较高,具有丰富的基元类型,并且有较高的重复次数,具有较高的多态性潜力.根据转录组的测序结果,随机选出82对引物用于检测,其中有20对引物能扩增出清晰且单一的谱带.[结论]金铁锁转录组所产生的Unigene是开发SSR的有效来源,而获得的SSR引物可以为金铁锁种质资源的遗传变异研究提供更多的标记.
The Distribution and Characteristics of SSR in Transcriptome of Psammosilene tunicoides

叶鹏、李显煌、陈杰、瞿绍宏、董章宏、雷瀚、刘成、辛培尧、杨生超

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西南林业大学,西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室,云南昆明650224

毕节市中药研究所,贵州毕节551700

云南农业大学,西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心,云南昆明650201

金铁锁 SSR 转录组

贵州省科技计划云南省教育厅科学研究基金西南林业大学科研基金

黔科合SY字[2015]30272016ZZX52XL21611

2019

云南农业大学学报(自然科学)
云南农业大学

云南农业大学学报(自然科学)

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.828
ISSN：1004-390X
年,卷(期)：2019.34(5)
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