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基于简化基因组测序的不同干形云南松遗传分析

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[目的]研究直干形和扭干形云南松遗传差异，揭示其遗传变异特点。[方法]分别以胚乳和针叶为材料，采用简化基因组测序技术对直干形和扭干形云南松22份样本进行单核苷酸多态型(SNP)位点挖掘及遗传分析。[结果]样本间共获得772240个变异，其中SNP变异762699个，InDel变异9541个。在SNP变异中，颠换(38。28％)类型小于转换(61。72％)类型;而InDel变异中，缺失型变异与插入型变异数量大致相等。遗传差异分析结果显示:直干形云南松胚乳组(ES)、直干形云南松针叶组(NS)、扭干形云南松胚乳组(ET)和扭干形云南松针叶组(NT)中SNP位点的多态性信息含量(PIC)、基因多样性指数(Nei)以及Shannon信息指数(I)分别在0。1633～0。1837、0。2345～0。2625和0。3043～0。3448之间，云南松分析样本具有较低的遗传差异水平。直干形和扭干形云南松之间具有中度的遗传分化(Fst针叶组=0。1071，Fst胚乳组=0。1437)和较高水平的基因流(Nm针叶组= 2。0839，Nm胚乳组=1。4893)。位于27条序列上的39个SNP位点能够很好地区分不同干形云南松。SNP注释结果表明:多向耐药性蛋白(PDR3)、乙烯响应转录因子(ERF017和RAP2)及MYB相关蛋白340 (MYB340)等可能在云南松直干形和扭干形的发育中发挥着调控作用。[结论]云南松干形扭曲变异主要受遗传因素调控，但环境因素的协同作用增强了该特征的显著性。
Genetic Analysis on Different Stem Forms of Pinus yunnanensis by Reduced-representation Genome Sequencing

吴治洋、纵丹、甘沛华、刘子腾、朱梅彩、何承忠

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西南林业大学,云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室,云南 昆明 650224

西南林业大学,西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室,云南 昆明 650224

西南林业大学,西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室,云南 昆明 650224

云南松 干形变异 遗传基础 简化基因组测序 双酶切基因分型 单核苷酸多态性

云南省专家工作站建设项目云南省产业技术领军人才培养项目中央引导地方科技发展专项

202005AF15002081210420YDZX201953000002845

2022

云南农业大学学报(自然科学)
云南农业大学

云南农业大学学报(自然科学)

北大核心
影响因子：0.828
ISSN：1004-390X
年,卷(期)：2022.37(2)
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