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基于WGCNA方法识别影响猪肉质性状的关键模块和基因

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[目的]发掘和识别猪肉质性状相关的基因共表达模块和关键基因。[方法]采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis，WGCNA)、基因互作关系网络以及中心性方法，对来自NCBI基因表达数据库的大蒲莲猪和长白猪各8头个体的背最长肌基因表达数据集GSE119368进行关键基因共表达模块和基因挖掘，以3头撒坝猪和3头大白猪为素材对肉质性状部分关键基因进行qPCR验证。[结果]共鉴定出蓝色和红色2个与猪肉质性状显著相关的基因共表达模块(r值分别为0。89和0。91，P值分别为5E−6和7E−7);蓝色模块基因主要与快慢肌纤维转换及细胞外基质等相关，其中的10个基因COL3A1、COL5A1、COL1A2、COL14A1、CRTAP、COL5A3、LEPREL1、DEPTOR、COL4A2和COL6A2为肉质性状关键基因;红色模块基因主要与骨骼肌细胞及脂肪细胞分化等有关，其中的11个基因FBXL4、RNF115、FBXO40、ASB4、ASB15、UBE2L6、RNF41、ASB5、HERC5、SOCS1和ASB11为肉质性状关键基因;蓝色模块的前3个关键基因在撒坝猪和大白猪背最长肌中表达差异极显著(P<0。01)，红色模块的前3个基因表达差异不显著(P>0。05)。[结论]研究结果初步鉴定了不同肉质类型猪种间肉质相关的基因共表达模块和关键基因，但相同肉质类型猪种的肉质性状关键基因及其效应可能存在明显差异。

荣丽云、黄宁、王孝义、李明丽、陈强、鲁绍雄

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云南农业大学 动物科学技术学院,云南 昆明 650201

猪 肉质性状 基因表达 加权基因共表达网络 关键基因

202104BI090022YNWR-CYJS-2018-056202102AE090039

2022

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北大核心
影响因子：0.828
ISSN：1004-390X
年,卷(期)：2022.37(5)
荣丽云,黄宁,王孝义,等.基于WGCNA方法识别影响猪肉质性状的关键模块和基因[J].云南农业大学学报(自然科学),2022,37(5):769-779.
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