云南农业大学学报(自然科学)2022,Vol.37Issue(6) :1021-1030.

百合AP2/ERF家族转录因子基因LoERF4的克隆和生物信息学分析

Cloning and Bioinformatics Analysis of AP2/ERF Transcription Factor Gene LoERF4 in Lily

王浩 孙亮 张济民 贾文杰 吴雅文 张小平 李想 王有国
云南农业大学学报(自然科学)2022,Vol.37Issue(6) :1021-1030.

百合AP2/ERF家族转录因子基因LoERF4的克隆和生物信息学分析

Cloning and Bioinformatics Analysis of AP2/ERF Transcription Factor Gene LoERF4 in Lily

王浩 1孙亮 2张济民 1贾文杰 3吴雅文 1张小平 1李想 3王有国1
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作者信息

  • 1. 云南农业大学园林园艺学院,云南昆明650201
  • 2. 金华职业技术学院农学院,浙江金华321017
  • 3. 云南省农业科学院花卉研究所,云南昆明650205
  • 折叠

摘要

[目的]研究AP2/ERF家族成员ERF基因在百合休眠解除过程中的作用.[方法]以百合品种西伯利亚(Lilium oriental'Siberia')的小鳞茎为试验材料,从前期试验获得的转录组测序数据中筛选得到1个在小鳞茎休眠解除过程中显著上调表达的ERF转录因子,结合RT-PCR技术扩增得到西伯利亚小鳞茎的ERF基因cDNA全长序列,命名为LoERF4;通过多种生物信息学软件对LoERF4的基因结构和理化性质等进行分析;利用荧光定量qRT-PCR技术检测LoERF4基因在小鳞茎休眠解除过程中的相对表达量.[结果]通过克隆得到LoERF4基因全长,该基因开放阅读框全长为606 bp,编码201个氨基酸,含有1个典型的保守AP2结构域;蛋白相对分子量约为21.52 ku,理论等电点为6.43,为亲水性蛋白,没有跨膜结构.qRT-PCR分析结果显示:在西伯利亚小鳞茎休眠解除过程中,该基因的表达量在第20天小鳞茎休眠解除、开始萌发时极显著升高.[结论]在百合中克隆得到的LoERF基因可能是参与调控百合小鳞茎休眠解除进程的关键因子之一.

关键词

百合(Lilium/spp.)/LoERF4/基因克隆/生物信息学分析

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基金项目

国家自然科学基金(32060690)

国家重点研发计划项目(2018YFD1000402)

出版年

2022
云南农业大学学报(自然科学)
云南农业大学

云南农业大学学报(自然科学)

北大核心
影响因子:0.828
ISSN:1004-390X
被引量1
参考文献量7
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