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基于转录组数据分析药用真菌猪苓密码子使用偏好性

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本研究以猪苓转录组数据(SRP058382)为基础,利用BLASTx和ESTScan对猪苓的CDS进行预测,共筛选出332条unigenes,再利用CodonW分析这些基因密码子使用偏向性.结果 显示,猪苓基因密码子GC含量范围在44.51％～64.6％,平均含量为53.57％,GC3平均含量为57.98％,说明猪苓基因偏向使用以G或C结尾的密码子;ENC 值在38.46到61之间,说明其密码子偏向性较弱;中性绘图分析及ENC-plot曲线分析显示,猪苓基因GC12与GC3的回归系数为0.075,说明GC12和GC3的相关性微弱,并且大部分基因ENC值偏离了理论值.这些分析表明在猪苓基因的密码子使用偏向性的形成过程中,突变和选择压力等诸多因素都发挥着重要作用.通过高表达优越密码子分析确定了猪苓基因中22个最优密码子,多以G或C结尾.研究结果为猪苓的转基因研究中载体的选择及分子进化研究提供理论依据.
Analysis of codon usage patterns in Polyporus umbellatus based on transcriptome data

刘蒙蒙、邢咏梅、郭顺星

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中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所,北京100193

河北大学中医学院,河北保定071002

江苏理工学院电气信息工程学院,生物信息与医药工程研究所,江苏常州213001

猪苓 转录组 密码子偏向性 最优密码子

国家自然科学基金资助项目国家自然科学基金资助项目河北省教育厅基金资助项目北京协和医学院学科建设项目

8177384381973425QN2018128201920100901

2020

药学学报
中国药学会 中国医学科学院药物研究所

药学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.274
ISSN：0513-4870
年,卷(期)：2020.55(5)
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