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八角枫及其亚种叶绿体基因组序列结构及系统发育分析

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八角枫为八角枫科Alangiaceae八角枫属Alangium常用药用植物,是贵州特色苗药之一,该属植物分化强烈、形态变异复杂,各药材活性成分和药效存在显著差异.本文利用Illumina高通量测序技术对八角枫亚种(稀花八角枫、伏毛八角枫)和毛八角枫叶绿体基因组进行测序,完成其组装注释与结构特征解析,并从NCBI下载同属植物八角枫、高山八角枫进行基因组比较分析.最后,选择NCBI中己发表的与八角枫科亲缘关系较近的物种进行系统发育树构建.结果如下:稀花八角枫、伏毛八角枫和毛八角枫叶绿体基因组全长为156 670、156 672、156 871 bp,为典型的四段式结构,均包含1个长单拷贝区(LSC)、1个短单拷贝区(SSC)及2个反向重复区(IRa和IRb).均注释到133个基因,其中包括88个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因.叶绿体基因组中均发现了正向重复、回文重复和反向重复3种类型的长重复序列和SSR位点.基因组比较分析表明5个物种边界过渡区域存在多样性,叶绿体基因组未发现重排或倒置,在ndhA、ycf1、rpl16、ycf2及petD等基因的编码区存在显著差异,这些位点为八角枫的分子鉴别提供了新位点.系统分析中毛八角枫单独聚为一支,稀花八角枫和伏毛八角枫聚为一支,支持率为93,亲缘关系较近,表明系统发育树可用于物种鉴别.本文可为八角枫属分类鉴定、保证八角枫药材临床用药安全及规范八角枫药材市场提供依据.
Sequence structure and phylogenetic analysis of the chloroplast genomes ofAlangium chinense(Lour.)Harms and its different subspecies

杨小英、刘畅、曾宪法、刘雄伟、赵杰宏、俸婷婷、周英

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贵州中医药大学药学院,药食两用资源应用与开发研究中心,贵州贵阳550025

八角枫 亚种 叶绿体基因组 重复序列 系统发育

2018YFC1708100黔科合平台人才[2019]5407QZYYZDXKJS-2021-03QZYY-2021-0982018YFC1708101012018YFC170810201

2022

10.16438/j.0513-4870.2022-0490

药学学报
中国药学会 中国医学科学院药物研究所

药学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.274
ISSN：0513-4870
年,卷(期)：2022.57(10)
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