摘要
目的 通过生物信息学方法寻找银屑病的潜在生物标志物,为探讨其发病机制提供理论依据.方法 采用加权基因共表达网络分析和基因集富集分析(GSEA)算法筛选银屑病皮损和非皮损活检样本之间的差异表达基因(DEGs).基于STRING 11.0数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络并验证DEGs的表达水平.运用CIBERSORT算法分析DEGs与免疫浸润细胞特征基因表达量的相关性.结果 交集得到89个与银屑病发病相关的DEGs.基因本体富集结果显示,DEGs主要与体液免疫反应、能量代谢过程以及趋化因子活性有关.GSEA获得的6条交集通路均受到抑制,分别是嘧啶代谢、利什曼原虫感染、亚油酸代谢、细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路和嘌呤代谢.DEGs与22种免疫细浸润胞的特征基因表达量的相关分析显示,单磷酸胞嘧啶-N-乙酰神经氨酸羟化酶假定蛋白、LOC100506990、神经前体分化调节同系物、原肠(胚)形成糖蛋白、蛋白酪氨酸磷酸酶非受体21、排斥导向分子B、维甲酸相关孤儿受体α、盐诱导激酶1、Wnt家族成员2和锌指蛋白273的表达量均与免疫细胞浸润呈显著负相关(P<0.05).结论 本研究利用生物信息学方法筛选得到的与银屑病发病相关的DEGs,在一定程度上可抑制疾病的发生,可为后续深入研究银屑病的致病机制奠定理论依据.
基金项目
国家自然科学基金(81773312)
广东省自然科学基金(2015A030313517)
东莞市社会发展科技重点项目(20211800905552)
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