首页|基于流式细胞术和基因组survey分析的地黄基因组研究

基于流式细胞术和基因组survey分析的地黄基因组研究

扫码查看
原文链接
  • NETL
  • NSTL
  • 万方数据
  • 维普
目的 地黄Rehmannia glutinosa是我国传统中药,具有较高的药用价值和经济价值.利用流式细胞技术和高通量测序技术,分析了地黄基因组大小和特征等信息,为绘制地黄全基因组精细图谱提供依据.方法 将己知基因组大小的大豆Glycine max和辣椒Capsicum annuum作为对照,用流式细胞技术估算地黄基因组大小.然后利用高通量测序技术对地黄基因组进行survey分析,通过生物信息学分析获得了地黄全基因组重复序列比例、基因组杂合度以及GC含量等信息.结果 根据流式细胞实验结果,地黄基因组大小介于大豆和辣椒之间,估算地黄基因组大小应在2.00～2.12 Gb.通过高通量测序,获得了132.79 Gb高质量的数据,总测序深度约为66.40×,估算地黄基因组大小为2.03 Gb.根据Kmer分布情况,估算地黄基因组重复序列比例为78.48％,杂合度为1.93％,GC含量为37.27％.从基因组基本结构特征上看,地黄基因组属于高重复、高杂合、大基因组的复杂基因组.结论 获得了地黄基因组大小和特征等信息,这些信息将为绘制地黄全基因组的精细图谱奠定基础,也为阐明地黄有效成分的生物合成和调控途径提供依据.
Estimation of Rehmannia glutinosa genome size based on flow cytometry and genome survey analysis

赵乐、朱畇昊、王敏、韩永光、马利刚、冯卫生、郑晓珂

展开 >

河南中医药大学药学院,河南郑州450046

呼吸疾病诊疗与新药研发河南省协同创新中心,河南郑州450046

北京工商大学化学与材料工程学院,北京100048

地黄 流式细胞术 高通量测序 基因组大小 重复序列 杂合度

国家重点研发计划国家自然科学基金资助项目河南省重大科技专项中央引导地方科技发展专项资金项目河南省科技攻关项目国家级大学生创新创业训练计划项目

2017YFC170280081603232171100310500172102110099201710471022

2021

10.7501/j.issn.0253-2670.2021.03.025

中草药
天津药物研究院,中国药学会

中草药

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.632
ISSN：0253-2670
年,卷(期)：2021.52(3)
  • 7
  • 15