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基于高通量测序的菜头肾叶绿体基因组的组装及序列分析

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目的 以药用植物菜头肾Championella sarcorrhiza为材料,对其叶绿体基因组进行组装和序列分析,为进一步开展菜头肾遗传与鉴定学研究奠定基础.方法 采用高通量测序技术首次对菜头肾叶绿体基因组进行测序,以板蓝叶绿体基因组为参考,进行特征分析和聚类关系研究.结果 生物信息学分析表明,菜头肾叶绿体基因组总长为144 713 bp,具有典型的被子植物叶绿体基因组环状四分体结构,GC含量为38.35％;共注释得到129个基因,包括84个蛋白编码基因,37个tRNA基因和8个rRNA基因;蛋白编码基因对应的密码子偏好使用A/T碱基.系统发育研究表明,菜头肾与板蓝亲缘关系最近,提示它们在进化上具有共线性.结论 建立了适于菜头肾植物完整叶绿体基因组组装及其特征分析的方法,为菜头肾的鉴定、系统发育研究奠定了基础.
Assembly and sequence analysis of chloroplast genome of Championella sarcorrhiza based on high-throughput sequencing

赵祺、余佳兴、秦宇雯、任仙樱、高海东、吴志刚、姜程曦

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温州医科大学药学院,浙江温州325035

浙江省生物医药协同创新中心,浙江温州325035

安徽省九华山佛教医药研究所,安徽池州242700

南京集思慧远生物科技有限公司,江苏南京210033

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菜头肾 板蓝 叶绿体 基因组 高通量测序

ZYBZH-Y-SC-40KJHX1603OTJ18037

2021

10.7501/j.issn.0253-2670.2021.06.024

中草药
天津药物研究院,中国药学会

中草药

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.632
ISSN：0253-2670
年,卷(期)：2021.52(6)
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