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杜仲LBD基因家族全基因组鉴定与进化表达分析

Identification,evolution and expression analysis of LBD gene family in Eucommia ulmoides

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目的 通过对杜仲LBD基因家族进行全面鉴定,以期为EuLBDs基因功能深入研究提供依据.方法 以杜仲基因组数据库为基础,利用生物信息学方法,对杜仲LBD基因家族进行全面鉴定和表达模式分析.结果 从杜仲基因组中共鉴定到19个EuLBDs,分为Class Ⅰ与Class Ⅱ 2大类,进一步划分为6个亚家族(Ⅰa、Ⅰb、Ⅰc、Ⅰd与Ⅱa、Ⅱb).理化性质分析显示:EuLBDs编码152～293个氨基酸,理论等电点分布于4.62～9.91,相对分子质量区域为17 420～31 820,均为亲水性蛋白,以α-螺旋和不规则卷曲为主,亚细胞定位于细胞核中.EuLBD基因家族含有类锌指、亮氨酸拉链和甘氨酸-丙氨酸-丝氨酸(GAS)保守结构域.表达模式分析显示,EuLBDs参与杜仲叶片发育,随着叶片发育,水平逐渐降低,EuLBDs基因表达不受叶片胶含量的影响.结论 从杜仲基因组水平对LBD基因家族进行了全面鉴定和生物信息学分析,为进一步研究杜仲LBDs基因功能奠定基础.

刘俊、李龙、陈玉龙、吴耀松、刘燕、任闪闪、董诚明

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河南中医药大学中医药科学院,河南省中医方证信号传导重点实验室,河南郑州 450046

国际竹藤中心国家林业和草原局竹藤科学与技术重点开放实验室,北京100102

国际竹藤中心安徽太平试验中心,安徽黄山245716

西北农林科技大学林学院,陕西杨凌 712100

河南中医药大学河南省道地药材生态种植工程技术研究中心,河南郑州450046

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杜仲 LBD基因家族 系统进化 基因表达 EuLBDs

河南省高等学校重点科研项目国家林业和草原局/北京市共建竹藤科学与技术重点实验室开放基金国际竹藤中心安徽太平试验中心开放课题河南中医药大学博士科研基金

22A360005ICBR-2020-051632021006-4RSBSJJ2019-04

2022

10.7501/j.issn.0253-2670.2022.10.025

中草药
天津药物研究院,中国药学会

中草药

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.632
ISSN：0253-2670
年,卷(期)：2022.53(10)
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