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基于生物信息学探讨肝癌相关细胞焦亡基因及潜在中药预测

Exploration of pyroptosis genes in liver cancer related cells based on bioinformatics and prediction of potential traditional Chinese medicine

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目的 探究肝癌患者的细胞焦亡基因与预后的相关性以及细胞焦亡差异基因的相关性,并预测调控差异表达基因的中药,通过分析中药的性味归经、药物分类探讨治疗肝癌患者细胞焦亡的中医理论,为中医药现代化提供新思路.方法 下载TCGA数据库中肝癌患者的转录组数据,以关键词"pyroptosis"搜索GenCards数据库,获取细胞焦亡相关基因并筛选、分析其在肝癌的表达量、共表达情况,并进行预后分析、基因本体论(geneontology,GO)功能富集分析、DO(diease ontology)疾病分析;再通过CTD数据库查找对基因有调控作用的化学成分.最后应用COREMINE数据库查找相关中药,并统计高频中药的性味归经、药物分类.结果 共筛选出16个与预后相关的细胞焦亡基因,其中11个基因有较多相关的中药,其中高频中药为茶树根、郁金、人参、丁香、干姜等;药性以寒、温为主;药味以苦、甘为主;归经以肝、肺经居多;以补虚药、清热药、化痰止咳平喘药、解表药、理气药和活血化瘀药为主.结论 通过生物信息学技术分析得出肝癌相关细胞焦亡基因及对应的高频中药,为治疗肝癌的中药新药开发及中医药理论的微观挖掘提供思路.

张道平、姚昆鹏、刘起立、李峥嵘、陈沛儒、彭建平

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湖南中医药大学,湖南长沙 410208

湖南中医药大学第一附属医院,湖南长沙 410007

细胞焦亡 肝癌 中医药 生物信息学 中药新药开发 茶树根 郁金 人参 丁香 干姜

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2022

10.7501/j.issn.0253-2670.2022.23.018

中草药
天津药物研究院,中国药学会

中草药

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.632
ISSN：0253-2670
年,卷(期)：2022.53(23)
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