目的 利用生信技术分析秦艽WRKY家族,为进一步研究GmWRKY转录因子对秦艽次生代谢产物生物合成的分子调控机制提供信息.方法 基于秦艽转录组注释结果挖掘WRKY家族成员,通过NCBI-tBlastx和SMART保守结构域预测进一步筛选得到41条WRKY序列并进行生信分析.基于getorf预测开放阅读框(open reading frame,ORF)区,对41条序列的ORF片段进行MEME保守基序分析和ClustalW比对,采用MEGAX构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统发育树.利用Omicshare GO对41个WRKY成员进行富集分析,利用String进行WRKY成员蛋白互作网络预测分析.通过转录组FPKM值对GmWRKY成员的基因表达情况进行热图分析,并对蛋白互作核心成员进行基因相对表达分析.结果 41个秦艽WRKY成员中大部分成员的保守基序为"WRKYGQK",仅GmWRKY27保守基序发生氨基酸突变,为"WRKYGKK".依据WRKY特征结构域将41条序列的51个结构域分为3大类和8个亚类型,第Ⅰ大类为氮端(N)和碳端(C),第Ⅱ大类下设5个亚类型,以及第Ⅲ大类;此外,系统进化树可将 51 个 WRKY 结构域分成4 大组,Group Ⅰ[Ⅰ(N)]、GroupⅡ(Ⅱa+Ⅱb)、GroupⅢ[Ⅰ(C)+Ⅱc]、GroupⅣ(Ⅱd+Ⅱe 和Ⅲ),该结果与经典的WRKY家族分类特点基本一致.GO分析发现秦艽WRKY家族成员广泛参与代谢调控过程.当茉莉酸甲酯(jasmonic acid methyl ester,MeJA)诱导秦艽后,蛋白网络互作的核心成员GmWRKY1和GmWRKY17表达显著提高,推测这些WRKY成员与秦艽次生代谢产物的调控关系密切.结论 为进一步开展秦艽WRKY转录因子功能研究奠定基础.
NETL
NSTL
维普
万方数据
