首页|刺柏属4种药用植物叶绿体基因组密码子偏好性分析

刺柏属4种药用植物叶绿体基因组密码子偏好性分析

扫码查看
原文链接
  • NETL
  • NSTL
  • 万方数据
  • 维普
目的 明确刺柏属圆柏Juniperus chinensis、垂枝香柏J.pingii、昆明柏J.gaussenii和铺地柏J.procumbens 4种药用植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及影响其密码子偏好性的因素.方法 利用CodonW、CUSP、SPSS等软件对4种刺柏属药用植物叶绿体基因组密码子偏好性进行分析.结果 4种刺柏属药用植物叶绿体基因组密码子的GC含量在35.8％～37.3％,有效密码子数(effective number of codon,ENC)值在47.10～47.79,表明其密码子偏好性较弱.中性绘图、ENC-plot、PR2-plot分析表明影响4种刺柏属药用植物叶绿体基因组密码子使用偏性的因素有选择和突变.同时利用相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)值和ENC值筛选出共65个最优密码子,其中有9个密码子为4种刺柏属植物共有的最优密码子.结论 4种刺柏属药用植物密码子偏好使用A/T结尾,其密码子使用偏性主要受到自然选择的影响.通过对4种刺柏属植物叶绿体基因组密码子的使用偏性进行分析及外类群聚类分析验证,揭示影响其密码子使用偏性的主要因素,为后续刺柏属叶绿体基因组外源蛋白表达载体的构建及优化提供理论依据.
Analysis of codon bias in the chloroplast genome of four medicinal plants of Juniperus

舒军霞、杨林、周涛、沈莲文、王大玮

展开 >

西南林业大学 云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室,云南 昆明 650224

西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室,云南昆明 650224

刺柏属 圆柏 垂枝香柏 昆明柏 铺地柏 密码子偏好性 最优密码子 自然选择

201903611

2022

10.7501/j.issn.0253-2670.2022.23.022

中草药
天津药物研究院,中国药学会

中草药

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.632
ISSN：0253-2670
年,卷(期)：2022.53(23)
  • 3
  • 10