黄花型扁蓿豆叶绿体基因组及其系统发育分析
Analysis of Chloroplast Genome and Phylogeny of Yellow Flowered Type Medicago ruthenica
温静 1郭茂伟 2朱琳 2李志勇 2李鸿雁 2魏鹏 3闫慧芳 4赵诚贵5
作者信息
- 1. 黄河三角洲草地资源与生态国家林业和草原局重点实验室/青岛农业大学草业学院,山东 青岛 266109;中国农业科学院草原研究所,内蒙古 呼和浩特 010010
- 2. 中国农业科学院草原研究所,内蒙古 呼和浩特 010010
- 3. 新疆畜牧科学院草业研究所,新疆 乌鲁木齐 830026
- 4. 黄河三角洲草地资源与生态国家林业和草原局重点实验室/青岛农业大学草业学院,山东 青岛 266109
- 5. 凉城县农牧和科技局,内蒙古 乌兰察布 013750
- 折叠
摘要
本研究对黄花型扁蓿豆的叶绿体基因组进行序列特征、密码子偏好性分析,并结合系统发育树及共线性分析探究黄花型扁蓿豆与其他近缘种的亲缘关系,以明确其物种分类.结果显示:黄花型扁蓿豆叶绿体基因组全长 127572 bp,GC含量 34.19%;密码子偏好性分析表明,其叶绿体基因在编码过程中对A/U结尾密码子的使用具有偏好性;系统发育树及共线性分析表明,野生黄花型扁蓿豆叶绿体基因组与青藏扁蓿豆具有更高的相似性.
Abstract
In this study,the sequence characteristics and codon bias of the chloroplast genome of Yel-low flowered type Medicago ruthenica was analyzed,and the phylogenetic tree and collinearity analysis were used to explore the relationship between Yellow flowered type M.ruthenica and other related spe-cies,to clarify its species classification.The results showed that the chloroplast genome of Yellow flow-ered type M.ruthenica was 127572 bp in length and 34.19%in GC content,and the codon bias analysis showed that the coding process of the chloroplast genes used A/U codons preferentially in coding process.Phylogenetic tree and collinearity analysis showed that the chloroplast genome of Yellow flowered type M.ruthenica was more similar to that of Medicago archiducis-nicolai.
关键词
叶绿体基因组/黄花型扁蓿豆/系统发育/密码子偏好性Key words
Chloroplast genome/Yellow flowered type Medicago ruthenica/Phylogeny/Codon pref-erence引用本文复制引用
基金项目
内蒙古自治区种业科技创新重大示范工程"揭榜挂帅"项目(2022JBGS0040)
2022年度自治区本级事业单位引进高层次人才科研(2023NMRC001)
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(1610332022006)
内蒙古自治区自然科学基金项目(2023MS03029)
出版年
2024
NETL
NSTL
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