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长江下游地区地方鸭种全基因组序列测定及遗传多样性分析

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为全面了解长江下游地区兼用型鸭的遗传多样性,对该地区娄门鸭、昆山麻鸭、巢湖鸭和高邮鸭的血液进行了全基因组重测序分析.4个样本平均测序深度和覆盖率分别为11.7×和97.19％;通过与北京鸭基因组进行比对,娄门鸭、昆山麻鸭、巢湖鸭和高邮鸭分别检测到7 711 254、8 137 855、7 299 539和7 962 102个SNP,1 145 846、1 239 348、958 379和1 121 697个Indel以及1 777、1 949、1 556和1 088个CNV,这些变异大部分分布在基因间或者是基因内的内含子区;通过群体系统进化树分析和CNV交集分析发现娄门鸭和昆山麻鸭为一类,巢湖鸭和高邮鸭为一类.测序分析结果真实反映了各鸭种在遗传上的差异,与其地理分布基本一致.
Analysis on Complete Genome Sequencing and Genetic Diversity of Native Duck Breeds in the Lower Reaches of Yangtze River

章双杰、王靖、杨建生、李慧芳、宋卫涛、许金根、华国浩、叶彩芳、林雨鑫

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江苏省家禽科学研究所,江苏扬州 225125

昆山麻鸭原种场,江苏苏州 215111

昆山市畜牧兽医站,江苏苏州 215300

鸭 全基因组 重测序 系统进化树 拷贝数变异

江苏省农业三新工程项目江苏省农业科技自主创新项目

Sxgc2016096CX151010-03

2016

10.16372/j.issn.1004-6364.2016.23.002

中国家禽
中国畜牧业协会 中国农科院家禽研究所 江苏省家禽科学研究所

中国家禽

北大核心
影响因子：0.482
ISSN：1004-6364
年,卷(期)：2016.38(23)
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