春秋战国以前,祁连山区地广民稀,有森林约600万hm2.自西汉以来,祁连山区人口不断增加,顶峰时有人口约28.9万,养殖牲畜230多万羊单位,开垦耕地约12万hm2.随着人口增长和人类活动日益频繁,祁连山林草植被面积不断减少,破坏最严重时,有林地仅11.8万hm2,草原超载放牧39.4％,局部地段超载80％以上.1975年以来,因超载放牧导致祁连山保护区40万亩灌木林被毁,200万亩灌木林沦为荒漠或草场,裸地面积增加了22.8％.20世纪末,随着天然林保护工程的实施,祁连山保护区砍伐林木的行为被彻底制止,但超载放牧对草原的破坏屡禁不止.2016年以来,随着生态环境保护措施不断加强,人类活动逐渐减少,祁连山保护区生态环境开始缓慢恢复.
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