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基于转录组的苋菜LBD基因家族鉴定及蓝光下的表达分析

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为了解苋菜LBD基因家族,本研究利用转录组数据筛选和鉴定苋菜LBD基因家族成员,并命名为AtrLBD.结果 表明:1)从'全红'苋菜转录组中共鉴定得到16个AtrLBD基因,均为不稳定蛋白,氨基酸长度在91～351 aa,相对分子质量为9.396～38.250 ku;二级结构主要以α-螺旋和无规卷曲为主;亚细胞定位预测,AtrLBD定位在细胞核、叶绿体和线粒体;MEME分析结果表明,16个AtrLBD共有10个保守氨基酸序列;2)系统进化树显示,16个AtrLBD与拟南芥LBD蛋白分为第一类(Class Ⅰ)和第二类(ClassⅡ)2大类,细分为Class Ⅰa、Ⅰb、Ⅰc、Ⅰd、Ⅰe和Class Ⅱa、Ⅱb等7个亚类;miRNA预测结果显示,有4个AtrLBD是miRNA靶基因;3)qRT-PCR结果显示,除AtrLBD4、AtrLBD5、AtrLBD10和AtrLBD16以外,AtrLBD均受到蓝光的诱导表达.上述结果为深入研究苋菜LBD基因家族的功能及进化分析奠定了基础.
Identification of LBD gene family in Amaranthus tricolor L.based on transcriptome and expression analysis under blue light

王乐、陈何、肖防、郑友峰、黄瑞丹、刘生财

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福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州350002

苋菜 LBD 表达分析 生物信息学分析

2018J01700CXZX2017174CXZX2016118CXZX2017189102/71201801101

2021

10.11841/j.issn.1007-4333.2021.10.07

中国农业大学学报
中国农业大学

中国农业大学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.971
ISSN：1009-508X
年,卷(期)：2021.26(10)
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