牛miR-2439-5p的转录因子-miRNA-mRNA调控网络预测与组织表达谱分析

扫码查看

原文链接

国家科技期刊平台
NETL
NSTL
万方数据
维普

中文摘要：为了解牛miR-2439-5p的生物学信息和初步探索其与宿主基因MRTFA(Myocardin related transcription factor A,心肌素相关转录因子A)是否存在互作功能,以及进一步了解牛miR-2439-5p的组织表达规律,利用物种间保守性分析、上游序列CpG岛分析、启动子预测、转录因子预测、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析等生物信息学方法对miR-2439-5p进行"转录因子-miRNA-mRNA"调控网络预测,并进行组织表达谱分析.结果表明:1)miR-2439-5p是牛特异性miRNA、内含子miRNA和miRNA*(相对低表达miRNA);2)miR-2439-5p可能受C/EBPβ和RARα等转录因子调控,预测其共有621个靶基因,显著富集在AMPK信号通、mTOR信号通路和不饱和脂肪酸合成等信号通路;3)miR-2439-5p在28月龄郏县红牛的肾组织中相对高表达,与肌肉和背脂组织存在显著性差异(P＜0.01);其在28月龄和牛的背脂组织中相对高表达,与肝和脾组织存在显著性差异(P＜0.05);其在28月龄固原黄牛的各组织表达量无显著性差异(P＞0.05).综上,miR-2439-5p可能反馈调节宿主基因MRTFA,从而调控牛脂肪细胞分化,为进一步探究miR-2439-5p的功能和作用机制提供研究方向和理论依据.

外文标题：Transcription factor-miRNA-mRNA regulatory network prediction and tissue expression profile analysis of bovine miR-2439-5p

作者：

刘爽、魏大为、李芬、王兴平、罗仍卓么、蔡小艳、马云

展开 >

作者单位：

宁夏大学农学院/宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,银川750021

关键词：

牛 miR-2439-5p "转录因子-miRNA-mRNA"调控网络组织表达谱分析

基金：

国家自然科学基金宁夏回族自治区重点研发计划项目宁夏回族自治区科技创新团队

项目编号：

3320727202019YCZX006803010360052

出版年：

2021

DOI：

10.11841/j.issn.1007-4333.2021.12.10

中国农业大学学报

中国农业大学

中国农业大学学报

CSTPCDCSCD北大核心

影响因子：0.971

ISSN：1009-508X

年,卷(期)：2021.26(12)

被引量1
参考文献量3