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应用变性梯度凝胶电泳和16S rDNA序列分析对山羊瘤胃细菌多样性的研究

Analysis of Rumen Bacterial Diversity of Goat by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis and 16S rDNA Sequencing

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以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列,并与现有的数据库进行了比较.结果表明,饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%～55%);饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成,DGGE谱带变化程度分别为1号36%、2号46%、3号30%.基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有5个基因序列与基因数据库登录的相关序列的相似性大于97%,8个基因序列的相似性在90%～96%,余下的低于90%.相似性大于97%的5个克隆中,只有1个被鉴定为Prevotellasp.,其余4个都属于未被鉴定的瘤胃细菌.

姚文、朱伟云、韩正康、Antoon D L Akkermans、Barbara Williams、Seerp Tamminga

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南京农业大学消化道微生物研究室,南京,210095

瓦赫宁根农业大学微生物系

瓦赫宁根农业大学动物系动物营养研究室,荷兰

山羊瘤胃细菌 遗传多样性 PCR 变性梯度凝胶电泳(DGGE) 16S rDNA

国家自然科学基金国家自然科学基金

3987057830025034

2004

中国农业科学
中国农业科学院

中国农业科学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.899
ISSN：0578-1752
年,卷(期)：2004.37(9)
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