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草莓斑驳病毒分子变异及PCR检测技术研究

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[目的]明确草莓斑驳病毒(Strawherry mottie virus,SMoV)的分子变异特点;探索利用嵌套PCR 和转录增强技术检测SMoV的方法.[方法]利用RT-PCR扩增SMoV 3'非编码区(non-coding regiOil,NCR)和大外壳蛋白(large coat protein,LCP)基因特异片段,并对扩增产物进行克隆测序.利用生物信息学软件分析不同地区分离物变异特点及系统发育关系.参考测序结果,在SMoV基因组保守区设计引物,利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV.[结果]获得了SMoV中国分离物的NCR区和部分LCP基因核酸序列,不同分离物部分LCP基因核酸序列同源性为76.8%～99.7%.系统进化分析显示不同分离物呈现轻微的地理相关性.3个波兰分离物,4个中国分离物中的3个,7个荷兰分离物中的4个分别聚集成一簇;2个德国分离物与其它分离物亲缘关系较远,形成一个独立的分支.建立了利用半嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV的技术体系,灵敏度高于常规PCR.[结论]SMoV不同分离物变异复杂,德国分离物可能是一个代表特殊株系的群体;基于定位基因组保守区引物,利用嵌套PCR和转录增强技术可有效检测SMoV.
Studies on Molecular Variations and PCR Detection of Strawberry Mottle Virus

杨洪一、李丽丽、代红艳、张志宏

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东北林业大学生命科学学院,哈尔滨,150040

沈阳农业大学园艺学院,沈阳,110161

草莓斑驳病毒 RT-PCR 嵌套PCR 变异 系统进化分析

国家自然科学基金

30200187

2008

中国农业科学
中国农业科学院

中国农业科学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.899
ISSN：0578-1752
年,卷(期)：2008.41(7)
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