摘要
目的 对天津市柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B3,CVB3)分离株进行基因分型及全基因组特征分析,完善天津市CVB3病毒进化信息,为相关疾病的监测预警提供依据.方法 对在天津分离到的5株CVB3毒株提取病毒RNA,通过反转录酶-聚合酶链锁反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增病毒全基因组序列,使用二代测序方法进行全基因组序列测定,对病毒全基因组序列进行系统进化与重组分析.结果 本研究中5株CVB3毒株开放阅读框1(open reading frame,ORF)均含有6 555个核苷酸,编码2 185个氨基酸,ORF2均由编码68个氨基酸大小的序列构成.核苷酸序列相似性为78.3％～100％,氨基酸序列相似性为95.7％～100％.而5株病毒与病毒原型株相比,核苷酸序列相似性为78.2％～79.1％,氨基酸序列相似性为94.9％～95.3％.5株病毒均在VP2蛋白上出现T151A位点突变,此外脑炎分离株还存在VP2蛋白K158E位点突变,1株生活污水分离株在5'非编码区存在C234T突变.5株病毒分属2个不同基因型,其中2016年的脑炎分离株属于D基因型,而2021年的外环境生活污水分离株属于E基因型,这也是我国北方地区首次报道E基因型CVB3.本研究的CVB3毒株在非结构蛋白区可能存在重组事件,其中脑炎分离株可能与1株柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CVB5)毒株发生重组,而生活污水分离株与1株埃可病毒18型(ECHO virus 18,E18)毒株存在重组事件.结论 天津市CVB3分离株分属D与E基因型,病毒基因组在非结构蛋白区可能存在重组事件.外环境生活污水中CVB3病毒基因组分析结果提示天津市人群有CVB3感染存在,同时其流行优势基因型可能发生了转变.
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