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海湾扇贝南部亚种遗传多样性和选择特征的基因组学解析

Genomic analysis of the genetic diversity and signatures of selection in a bay scallop southern subspecies Argopecten irradians concentricus

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为了探究海湾扇贝南部亚种(Argopecten irradians concentricus)的遗传多样性特征,通过全基因组重测序分析,系统解析了其群体遗传结构以及其与海湾扇贝北部亚种(Argopecten irradians irradians)间的遗传差异,共筛查出15059961个高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点.基于全基因组SNP的群体祖先成分推断、主成分分析和系统发生重构皆表明,南北亚种之间存在较为显著的遗传分化.其中,海湾扇贝南部亚种的近交水平和连锁不平衡程度更高.通过选择性清除分析,在海湾扇贝南部亚种中共鉴定出349个正选择基因,其中GHSR、HSF1、HABP2和DnaJ等基因可能与其生长速度较快、耐热性较强以及免疫功能较强等环境适应性特征相关.该研究揭示了海湾扇贝亚种间遗传分化和选择特征,为扇贝的基因组研究和分子育种提供了数据支持.

Argopecten irradians concentricusSNPgenetic differentiationselective sweep

林璐、王浩、曾启繁、包振民

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中国海洋大学三亚海洋研究院,海南省热带水产种质重点实验室,海南三亚572000

中国海洋大学海洋生命学院,海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室,山东青岛266003

海湾扇贝南部亚种 单核苷酸多态性 遗传分化 选择性清除

国家重点研发计划国家自然科学基金

2021YFD120080532002388

2023

10.12264/JFSC2023-0046

中国水产科学
中国水产科学研究院 中国水产学会

中国水产科学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.206
ISSN：1005-8737
年,卷(期)：2023.30(6)
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