目的 利用增强子 RNA 调控的化疗相关基因对结直肠癌患者进行分型,为精准医疗提供依据.方法 通过TCGA、GEO数据库获取结直肠癌患者基因表达数据,筛选增强子调控的化疗相关基因,利用非负矩阵分解方法进行直肠癌患者分型,并在独立数据集中验证分型结果的稳定性.通过生存分析、GSVA、SubMap方法,比较各亚型患者在生存结局、代谢通路活性、免疫浸润细胞浸润等方面的差异.收集结直肠癌新辅助化疗患者血浆,检测血浆蛋白表达量,分析增强子RNA(eRNA)调控基因与结果化疗敏感性的相关性.结果 本研究收集了 581 人的TCGA基因表达数据,筛选 50 个eRNA调控的化疗相关基因,通过非负矩阵分解获得三个结直肠癌亚型:eRNA1、eRNA2、eRNA3,GEO验证集的分型结果与TCGA基因表达数据一致,均分为 3 个亚型.生存分析、代谢通路分析、免疫浸润分析提示:eRNA2,生存结局最差、32 个代谢相关通路异常激活、免疫浸润程度明显偏低.在蛋白水平上,eRNA调控基因与化疗敏感性存在关联性.结论 在缺乏有效结直肠癌临床分型的前提下,本研究通过eRNA调控的化疗相关靶基因可以进行结直肠癌稳定有效的分型;各亚型在生存结局、免疫细胞浸润、代谢相关通路研究中的差异,可为临床个体化治疗提供指导,并为相关机制研究指供线索.
万方数据
维普
