摘要
目的 基于美国癌症肿瘤基因图谱(TCGA)数据库分析结直肠癌组织及正常组织的差异表达基因,并探讨其相关分子机制.方法 从TCGA数据库下载所有结直肠癌中mRNA转录组数据.共包含样本740例,其中,结直肠癌组织为571例,正常组织为169例.在R语言环境下,采用edge R工具包处理数据,得到差异表达基因.利用DAVID数据库对差异表达的前1000个基因进行GO分析及KEGG通路富集分析.对显著差异表达的前200个差异表达基因进行分析,基于Cysctoscape绘制蛋白互作网络图.比较关键基因在癌组织及正常组织中的表达水平.以关键基因的中位表达水平为界值,将关键基因分为高表达组与低表达组,比较高表达组与低表达组的生存情况.结果 共筛选出5073个差异表达基因,其中,上调基因2136个,下调基因2937个.GO分析结果显示,其生物过程主要在细胞增殖、转运、rRNA加工、受体介导的内吞作用等功能富集.KEGG富集分析结果表明,差异表达基因的信号通路主要有细胞周期、转录失调、胆汁分泌、甲状腺激素信号通路、血小板活化等信号通路.筛选出的前7位关键基因为PLK1、BRD4、EHMT2、HIST2H4B、PRPF19、SUV39H1、TRIM28.进一步分析显示,癌组织中PLK1、PRPF19、SUV39H1表达均高于正常组织(P<0.05).从生存分析曲线可知,PLK1和SUV39H1高表达组总生存时间与低表达组比较,差异无统计学意义(P>0.05);HIST2H4B低表达组总生存时间高于HIST2H4B高表达组(P<0.05).结论 基于TCGA数据库分析出PLK1在结直肠癌组织中高表达,其参与细胞增殖、有丝分裂细胞周期的G2/M转换等生物过程,通过P53信号通路发挥作用,在结直肠癌的发生、发展中起重要作用,有望成为诊断结直肠癌的肿瘤标志物.
基金项目
辽宁省科学技术计划(2019-ZD-1072)
辽宁省兴辽英才计划项目(XLYC2005014)
沈阳药科大学药品监管科学研究院专项基金(2021jgkx008)
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