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A型塞内卡病毒感染PK-15细胞环状RNA表达谱分析

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[目的]分析A型塞内卡病毒(Seneca virus A，SVA)感染猪肾上皮细胞(PK-15)后环状RNA(circular RNA，circRNA)表达谱的变化，探究circRNAs在SVA感染过程中发挥的潜在调控作用。[方法]本研究基于Illumina HiSeq 2000平台对SVA感染及对照PK-15细胞circRNAs转录组进行测序，并对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能及KEGG通路富集分析，通过实时荧光定量PCR对新发现的circRNAs进行表达水平鉴定。[结果]转录组测序结果显示，SVA感染组、PK-15细胞对照组中共有432种circRNAs被发现。在SVA感染PK-15细胞中，87种circRNAs表达水平相对对照组PK-15细胞显著上调，74种circRNAs表达水平显著下调。对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能注释分析表明，SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于核仁、细胞器膜和细胞大分子代谢、发育等生理过程。KEGG通路富集结果显示，SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于胞吞过程、cAMP信号通路、Rap1信号通路、Ras信号通路。对6种新发现的显著差异表达的circRNAs进行实时荧光定量PCR验证，结果显示，其表达水平与高通量测序结果趋势一致。[结论]本研究首次对SVA感染PK-15细胞的circRNAs表达谱进行差异分析，发现差异表达的circRNAs广泛参与动物机体大分子代谢、胞吞及细胞增殖、黏附、抗病毒过程，为进一步探究circRNAs在SVA感染过程中的分子机制提供了理论依据。
circRNA Expression Profile Analysis of PK-15 Cells Response to Seneca Virus A Infection

陈彦希、王晨、罗愿、周远成、徐志文、彭远义、宋振辉、刘骁

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西南大学动物医学院,重庆400799

四川省畜牧科学研究院,成都610066

四川农业大学动物医学院,成都611130

环状RNA(circRNA) A型塞内卡病毒(SVA) 高通量测序 PK-15细胞

重庆市基础前沿面上项目四川省区域创新合作科研项目西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室开放基金

cstc2020jcyjmsxmX07862022YFQ0023SKLSGB-ORP202104

2023

10.16431/j.cnki.1671-7236.2023.01.028

中国畜牧兽医
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

中国畜牧兽医

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.72
ISSN：1671-7236
年,卷(期)：2023.50(1)
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