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牛诺如病毒感染相关腹泻犊牛粪便菌群的特征分析

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[目的]比较哺乳期健康犊牛和感染牛诺如病毒(Bovine norovirus,BNoV)的腹泻犊牛粪便菌群多样性和物种组成,初步揭示BNoV感染的腹泻犊牛粪便菌群特征。[方法]首先应用PCR和RT-PCR法对健康和腹泻犊牛粪便中的腹泻相关病原进行检测,然后采用16S rRNA扩增子测序技术对病原检测阴性的健康犊牛粪便(H组)和仅BNoV检测阳性的腹泻犊牛粪便(BNoV组)的微生物多样性、菌群组成和功能进行比较分析。[结果]与H组相比,BNoV组粪便菌群操作分类单元(OTUs)数量和Chao1指数显著升高(P<0。05),Shannon和Simpson指数极显著降低(P<0。01)。与H组相比,BNoV组粪便变形菌门、埃希-志贺属、丁酸球菌属丰度极显著升高(P<0。01),放线菌门、柯林斯菌属、巨球型菌属、厄氏菌属、双歧杆菌属、粪杆菌属等丰度极显著或显著降低(P<0。01;P<0。05)。双歧杆菌属、柯林斯菌属、巨球型菌属、厄氏菌属、粪杆菌属等在H组显著富集,而丁酸球菌属、埃希-志贺属、脆弱拟杆菌、梭菌属等在BNoV组显著富集。与H组相比,BNoV组粪便菌群胞内过程和信号传导、脂质代谢、新陈代谢、异生物质生物降解与代谢、萜类和聚酮类化合物代谢等显著或极显著上调(P<0。05;P<0。01),而膜转运、复制与修复、翻译、核苷酸代谢、遗传信息处理等显著或极显著下调(P<0。05;P<0。01)。[结论]感染BNoV的腹泻犊牛粪便菌群丰富度、多样性、物种组成和功能与健康犊牛显著不同,提示BNoV感染犊牛处于肠道菌群紊乱状态。

赵清梅、崔省委、郭仕辉、余永涛、梁泰宇、李欢语

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北方民族大学生物科学与工程学院,银川 750021

宁夏大学动物科技学院,银川 750021

宁夏反刍动物分子细胞育种重点实验室,银川 750021

牛诺如病毒(BNoV) 犊牛腹泻 粪便菌群 16S rRNA扩增子测序

宁夏自然科学基金项目宁夏回族自治区重点研发计划项目宁夏回族自治区重点研发计划项目

2022AAC032312021BEF020282021BEF01001

2024

中国畜牧兽医
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

中国畜牧兽医

CSTPCD北大核心
影响因子:0.72
ISSN:1671-7236
年,卷(期):2024.51(8)
赵清梅,崔省委,郭仕辉,等.牛诺如病毒感染相关腹泻犊牛粪便菌群的特征分析[J].中国畜牧兽医,2024,51(8):3484-3494.DOI:10.16431/j.cnki.1671-7236.2024.08.026.