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伊犁郁金香叶绿体基因组密码子偏好性分析

Analysis of the Codon Usage Bias of Chloroplast Genome in Tulipa iliensis Regel

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目的:明晰伊犁郁金香叶绿体基因组密码子偏好性的使用模式.方法:以伊犁郁金香53条蛋白编码序列(CDS)为研究对象,使用CodonW1.4.2、CUSP等软件对其进行密码子组成分析、偏性影响因素分析、最优密码子筛选.结果:伊犁郁金香叶绿体基因组密码子的GC1、GC2、GC3含量不同,其中GC3的平均含量最低为27.15％,说明GC3偏好以A/U结尾.有效密码子(ENC)值均大于35,表明密码子使用偏性较弱;通过中性绘图、PR2-plot和ENC-plot的分析,伊犁郁金香叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受到自然选择的影响,同时受突变因素的影响.结论:伊犁郁金香叶绿体基因组共筛选到18个最优密码子可为后续野生郁金香资源开发、优良性状的遗传改良、外源基因表达及叶绿体工程育种等提供技术支撑和理论依据.

Tulipa iliensis RegelChloroplast genomeOptimal codonPreference mode

刘伟强、秦斗文、史国民、徐庭亮、巨秀婷

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青海大学农牧学院, 青海西宁 810016

青海省园林植物与观赏园艺重点实验室/青海大学高原花卉研究中心, 青海西宁 810016

伊犁郁金香 叶绿体基因组 最优密码子 偏好模式

"西部之光"人才培养计划青海省"昆仑英才"科技领军人才培养项目(2022)

中科认字[2022]4号青人才字[2022]1号

2024

10.3969/j.issn.1006-9690.2024.02.007

中国野生植物资源
中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院

中国野生植物资源

影响因子：0.667
ISSN：1006-9690
年,卷(期)：2024.43(2)
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