摘要
目的:明确lncRNA TUG1 在IgAN中差异表达,并预测lncRNA TUG1 下游参与IgAN的调控网络.方法:选取2021 年9 月—2021 年12 月黑龙江省中医药科学院门诊及住院IgAN患者10 例作为试验组,同期健康体检者10 例为对照组,清晨抽取受试者空腹静脉血,qRT-PCR法对外周血清lncRNA TUG1 进行检测.通过GEO数据库获得IgAN符合要求的miRNA表达数据库GSE25590 和mRNA表达数据库GSE73953.利用GEO2R在线分析工具寻找差异表达基因,利用NPlnter V4.0、StarBase V2.0 数据库收集TUG1 可能结合的下游的miRNA、mRNA靶点.将GSE25590 数据集获取的差异表达miRNA与TUG1 结合的下游的miRNA靶点进行合并处理,找到共同差异表达miRNAs(DEmiRs),进一步利用miRDB数据进行可能结合的下游的mRNA的预测.再将GSE73953 数据集获取的差异表达mRNA、TUG1 可能结合的下游的mRNA及GSE25590数据集与TUG1 下游共表达miRNA获得mRNA等3 组数据集进行合并取交集.最终获得共同差异表达基因(DEGs).应用DAVID数据库对筛选DEGs进行GO和KEGG分析,最终选取排名前20 的GO分析与KEGG通路,OmicShare平台绘制气泡图,Cytoscape 3.6.0 软件构建TUG1-DEmiRs-DEGs-KEGG通路多维网络图.结果:(1)与健康对照组相比,IgAN患者外周血样本中lncRNA TUG1 极显著低表达(P<0.01);(2)获得TUG1 下游结合的221 个DEmiRs,GSE25590 数据集获取182 个DEmiRs,交叉合并获得15 个DEmiRs;(3)获取TUG1 下游结合的 294 个 DEGs,GSE73953 数据集获取 14 657 个 DEGs,对TUG1 下游结合的15 个DEmiRs进行预测,获得 6947 个DEGs,对以上三组数据进行交叉合并获得 90 个DEGs;(4)对共同DEGs进行GO和KEGG富集分析,包括细胞对热应激的反应、衰减阶段、Notch信号通路、剪接体等.结论:lncRNA TUG1 在IgAN中低表达,TUG1 可能通过miR-107、ATXN1L调控的Notch信号通路参与IgAN中发生、发展.
基金项目
黑龙江省自然科学基金资助项目(LH2021H070)
NETL
NSTL
万方数据