砂仁为"四大南药"之一,其种质资源遗传背景复杂,探讨种质资源遗传多样性及亲缘关系,有利于理清砂仁种质来源和遗传背景,以便在砂仁亲本选配以及品种选育上提高效率.采用聚丙烯凝胶电泳技术,对收集的84份砂仁资源用71对SSR引物进行PCR扩增,筛选出54对多态性高的SSR引物,分析其遗传多样性.遗传多样性分析显示,54对SSR引物在84份材料中共出现293个等位基因,平均每对引物可检测到5.32个,变化范围为3~8个,其中AVL12标记等位基因数量最多;每个位点PIC值变化范围在0.068 7~0.828 9,均值为0.529 9,最高的为AVL24标记;不同来源地砂仁群体显示,云南群体遗传多样性最高,广西次之,广东最低.群体结构分析和聚类分析都将材料划分为2个类群.从来源地看,云南和广西两地材料亲缘关系较近,不同来源地的砂仁资源没有明显的分化.该研究利用54对SSR标记对84份种质资源材料的遗传多样性和群体结构进行分析,可反映不同种质来源和不同群体间的亲缘关系,从而为砂仁资源收集、研究和育种工作提供理论依据.