中国畜禽种业2024,Vol.20Issue(8) :46-52.

全基因组重测序及其在群体基因组学的研究方法

Whole Genome Resequencing and Its Approach in Population Genomics

吕晨晓 陈丽丽 拉毛杰布 九麦扎西 勒毛才让 马毅
中国畜禽种业2024,Vol.20Issue(8) :46-52.

全基因组重测序及其在群体基因组学的研究方法

Whole Genome Resequencing and Its Approach in Population Genomics

吕晨晓 1陈丽丽 2拉毛杰布 3九麦扎西 3勒毛才让 4马毅2
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作者信息

  • 1. 南开大学生命科学学院,天津 300000;天津市农业科学院畜牧兽医研究所/天津市畜禽分子育种与生物技术重点实验室/天津市畜禽健康养殖工程技术中心,天津 300381
  • 2. 天津市农业科学院畜牧兽医研究所/天津市畜禽分子育种与生物技术重点实验室/天津市畜禽健康养殖工程技术中心,天津 300381
  • 3. 夏河县畜牧工作站,甘肃甘南 747100
  • 4. 夏河县畜牧工作站,甘肃甘南 747100;夏河县拉卜楞镇畜牧兽医工作站,甘肃甘南 747100
  • 折叠

摘要

利用群体基因组学的工具分析重测序数据可以更好地将选择位点与种群历史相结合,精确估计有效种群规模、种群历史和种群结构,确定特定遗传位点和变异.该文简述了全基因组测序技术,介绍了其在群体基因组学的主要研究方法和实现软件,讨论了这些方法的优缺点,并提出开发新的深度学习模型和机器学习算法或许是未来改进群体基因组学研究方法的方向.

Abstract

Using population genomics tools to analyze resequencing data can better combine selection sites with population history,accurately estimate effective population size,population history and population structure,and determine specific genetic sites and variations.This paper briefly describes the whole genome sequencing technology,introduces its main research methods and imple-mentation software in population genomics,discusses the advantages and disadvantages of these methods,and proposes that the de-velopment of new deep learning models and machine learning algorithms may be the direction of improving population genomics research methods in the future.

关键词

全基因组重测序/群体基因组学/进化与驯化/适应

Key words

Whole genome resequencing/Population genomics/Evolution and domestication/Adaptation

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基金项目

天津市种业专项(22ZXZYSN00020)

天津市科技计划项目(22ZYCGSN00020)

天津市科技计划项目(23ZYCGSN00910)

天津市科技计划项目(23ZYCGSN00160)

天津市奶牛产业技术体系(ITTCRS2021000)

天津市农业科学院种业自主创新专项(2023ZYCX011)

东西部协作科技项目(202301)

出版年

2024
中国畜禽种业
中国农业科学院农业信息研究所

中国畜禽种业

影响因子:0.116
ISSN:1673-4556
参考文献量45
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