中国猪业2024,Vol.19Issue(1) :39-46.DOI:10.16174/j.issn.1673-4645.2024.01.006

中外猪种间生长发育相关的差异候选基因筛选

Genome-wide Identification of Candidate Genes Underlying Growth and Develop-ment Disparities between Chinese Indigenous and Western Pig Breeds

陶璇 梁艳 杨雪梅 汪勇 杨跃奎 孔繁晶 王言 龚建军 朱康平 卫纪 杨少鹏 吕学斌 顾以韧 何志平
中国猪业2024,Vol.19Issue(1) :39-46.DOI:10.16174/j.issn.1673-4645.2024.01.006

中外猪种间生长发育相关的差异候选基因筛选

Genome-wide Identification of Candidate Genes Underlying Growth and Develop-ment Disparities between Chinese Indigenous and Western Pig Breeds

陶璇 1梁艳 1杨雪梅 1汪勇 2杨跃奎 1孔繁晶 3王言 1龚建军 1朱康平 4卫纪 5杨少鹏 6吕学斌 1顾以韧 1何志平1
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作者信息

  • 1. 四川省畜牧科学研究院/动物遗传育种四川省重点实验室,四川成都 610066
  • 2. 泸州市农业农村局,四川泸州 646000
  • 3. 泸州市现代农业发展促进中心,四川泸州 646000
  • 4. 四川德康农牧食品集团股份有限公司,四川成都 610207
  • 5. 稻城县农牧农村和科技局,四川甘孜 627750
  • 6. 白河县农业农村局,陕西安康 725800
  • 折叠

摘要

通过对我国地方猪种与国外猪种比较,筛选与生长发育性状相关的差异候选基因,探索猪种之间生长发育差异的分子机制.分别选择5头内江猪和大约克夏猪进行全基因组重测序,以10 kb滑动窗口和1 kb步长计算群体间遗传分化指数(Fst)平均值,并依据Fst筛选差异SNPs.最终在内江猪与大约克夏猪的比较中分别鉴定出48 924个非同义SNP,它们高度影响2 490个基因.同时,在乙酰辅酶A乙酰转移酶1(ACAT1)、胰岛素样生长因子受体2(IGF2R)和胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白3(IGF2BP3)基因中检测到3个非同义SNP,这可能影响乙酰辅酶A向乙酰乙酰辅酶A的转化和胰岛素信号通路的正常功能.本研究结果将为探索决定猪表型特征的遗传差异提供基础信息.

Abstract

The study aimed to explore the molecular mechanisms underlying the growth and developmental differences among these pig breeds.Five Neijiang(NJ)pigs and approximately five Yorkshire(YS)pigs were selected for whole-genome resequencing.Differential single-nucleotide polymorphisms(SNPs)were identified through a 10 kb window sliding in 1 kb increments using the Fst method.Ulti-mately,a total of 48 924 non-synonymous single-nucleotide polymorphism sites(nsSNPs)were discovered between NJ and YS pjgs,significantly impacting 2 490 genes.Moreover,three nsSNPs were identified in the genes ACAT1,IGF2R and IGF2BP3,potentially af-fecting the normal functioning of insulin signaling pathways and the conversion of acetyl-CoA to acetoacetyl-CoA.In conclusion,these findings contributed essential knowledge about genetic variations influencing phenotypic features in pigs.

关键词

ACAT1/群体遗传分化指数/基因组重测序/分子育种//SNP

Key words

ACAT1/Fst/genome resequencing/molecular breeding/pig/SNP

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基金项目

四川省重大科技专项(2021ZDZX0011)

四川省重点研发项目(2023YFN0088)

四川省重点研发项目(2021YFYZ0009)

四川省重点研发项目(2022YFN0047)

现代农业产业技术体系(CARS-35)

现代农业产业技术体系四川创新团队(SCCXTD-2024-08)

天府农业大师项目(He zhiping2022)

科技城人才计划(优势特色农业产业人才团队计划2023)()

出版年

2024
中国猪业
中国农业科学院农业信息研究所

中国猪业

影响因子:0.241
ISSN:1673-4645
参考文献量33
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