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基于转录组测序的方斑东风螺单核苷酸多态性位点挖掘及功能注释

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[目次]了解方斑东风螺中响应LPS刺激的SNP位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能。[方法]使用SOAPsnp软件分析不同时间条件下转录组数据中的SNP位点，使用GO、COG和KEGG数据库进行功能注释。[结果]转录组数据中共挖掘到673782个SNP位点，分布在110869条SNP-unigenes序列上。SNP类型分析表明，转换位点发生的频率远高于颠换位点，且6种单碱基变异类型中以A/G转换发生概率最大。有5866条SNP-unigenes富集到298个KEGG子集中，其中以"内吞作用"子集中富集的SNP-Unigenes最多，共富集182条。
SNP Site Biological Analysis of Babylonia areolata Based on RNA-seq Technology

王菁、刘付柏、许尤厚、黄宝松、王忠良

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广东海洋大学水产学院,广东 湛江 524088

广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室,广西 钦州 535000

方斑东风螺 单核苷酸多态性 转录组测序

2019年"冲一流"省财政专项资金建设项目广东省自然科学基金广东省省级科技计划项目2020年度校级大学生创新创业训练计划项目广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室(钦州学院) 开放基金

校〔2019〕21号2019A15150118752019A050510044CXXL20200022017KB03

2021

10.3969/j.issn.1673-9159.2021.01.015

广东海洋大学学报
广东海洋大学

广东海洋大学学报

CSTPCDCHSSCD北大核心
影响因子：0.444
ISSN：1673-9159
年,卷(期)：2021.41(1)
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