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毛竹GRF基因家族全基因组鉴定与表达分析

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[目的]探究毛竹Phyllostachys edulis GRF基因家族的性质、结构特点以及在不同组织中的表达水平，为进一步研究GRF在毛竹生长发育中的分子作用机制奠定基础。[方法]采用生物信息学方法，对毛竹全基因组和转录组信息进行分析，筛选出13个毛竹GRF基因家族成员，并对GRF基因家族的理化性质、进化、基因结构、保守结构域、启动子、基因家族表达模式及三级结构进行分析。[结果]毛竹GRF基因家族成员按照其在scaffold上分布的位置，分别被命名为PeGRF01～PeGRF13;将含有3个内含子的PeGRF04和PeGRF12归为非ε组，其余为ε组。毛竹各GRF基因家族成员理化性质存在一定的差异，但是其结构域相对保守，均含有14/3/3结构域。毛竹GRF家族启动子区含有大量与光响应、低温响应、激素调控等相关的顺式作用元件。毛竹GRF存在基因复制扩增的现象，与水稻Oryza sativa的共线性关系明显高于拟南芥Arabidopsis thaliana。毛竹GRF在不同组织器官中均有表达，各家族成员的表达量存在差异;在毛竹花和根组织中的表达量略高于叶和鞭，同时家族成员间的表达量也存在一定差异。GRF蛋白质由2个单体构成，每个单体由9个α-螺旋构成，整体结构呈"W"型。[结论]毛竹GRF基因家族具有典型的14/3/3结构域，可能参与根、鞭、叶、花序及笋芽的生长发育过程。
Genome identification and expression analysis of GRF gene family in Phyllostachys edulis

阮诗雨、张智俊、陈家璐、马瑞芳、朱丰晓、刘笑雨

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浙江农林大学 省部共建亚热带森林培育国家重点实验室,浙江 杭州 311300

浙江农林大学 林业与生物技术学院,浙江 杭州 311300

毛竹 GRF基因家族 系统进化 共线性 基因表达水平

31770721

2021

10.11833/j.issn.2095-0756.20200544

浙江农林大学学报
浙江农林大学

浙江农林大学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.929
ISSN：2095-0756
年,卷(期)：2021.38(4)
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