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毛果杨ZHD家族全基因组水平鉴定及在干旱胁迫下的表达分析

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[目的]对毛果杨Populus trichocarpa ZHD(PtrZHD)家族进行生物信息学以及干旱胁迫下表达特性分析,为研究PtrZHD在干旱胁迫中的功能提供参考.[方法]利用生物信息学方法从全基因组水平鉴定出毛果杨ZHD家族全部成员,并对其进化、理化性质、基因结构、保守基序、启动子顺式作用元件和表达特性进行分析.[结果]毛果杨ZHD家族包括21个成员,可分为7个亚家族;有8对同源基因,且非同义替换率(Ka)/同义替换率(Ks)值远小于1.该家族成员理化性质存在差异,但其结构较为保守,均含有Motif 1;启动子区含有数量不等的激素和非生物胁迫响应元件,不同基因之间响应元件的种类存在差异.在毛果杨PtrZHDs中,分别有1、7和13个基因在根、茎和叶组织中具有偏好性表达特征;PtrZHD家族成员对干旱胁迫的响应具有组织和时间表达特异性,在根、茎和叶部组织中各成员的表达量不同,但随着干旱胁迫时间的增加均呈先上升后下降的趋势.[结论]PtrZHD家族基因对干旱胁迫有不同程度的响应,可调控毛果杨对干旱胁迫的应答.
Genome-wide identification of ZHD gene family of Populus trichocarpa and its expression under drought stress

陈雪冰、刘聪、程赫、姜廷波、夏德安、魏志刚

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东北林业大学 林木遗传育种国家重点实验室,黑龙江 哈尔滨 150000

中国林业科学研究院 国家林业和草原局盐碱地研究中心,北京 100091

毛果杨 ZHD家族基因 生物信息学分析 组织表达 干旱胁迫

国家自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项

31770640CAFYBB2020ZA005

2022

浙江农林大学学报
浙江农林大学

浙江农林大学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子:0.929
ISSN:2095-0756
年,卷(期):2022.39(3)
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