摘要
目的 通过生物信息学方法筛选慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)可能的自噬关键风险基因,同时预测治疗CKD的潜在中药药物,探讨致病的潜在靶点及治疗药物.方法 从基因表达总表(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库获取CKD患者肾组织测序数据.采用生物信息学方法提取正常对照组与CKD患者组的自噬相关差异表达基因(differentially expressed autophagy-related genes,DEARGs),并进行基因本体(gene ontology,GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析.通过支持向量机模型(support vector machine,SVM)确定关键基因.最后,通过Connectivity Map平台对关键基因筛选可能的治疗CKD的中药.结果 共获得67个自噬相关差异基因,GO、KEGG富集分析表明DEARGs主要与巨自噬、自噬体、泛素样蛋白连接酶结合等相关.并从2个(ATF6、GNAI3)关键基因筛选得到姜黄、泽泻、丹参、地黄、五味子等多味具有潜在疗效的中药.结论 通过生物信息学分析,明确了在CKD进展中关键自噬基因及潜在的治疗性中药,为CKD的临床诊治提供新思路.
基金项目
2021年度安徽省重大疑难疾病中西医协同攻关项目(皖中医药发展秘[2021]70号)
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