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珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性分析

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为探究珊瑚菜(Glehnia littoralis F.Schmidt ex Miq.)叶绿体基因组密码子使用偏性及其影响因子,本研究基于珊瑚菜叶绿体基因组测序数据筛选到 51 个蛋白质编码基因,并对其密码子使用模式进行分析.结果显示:珊瑚菜叶绿体基因组密码子总GC含量(GCall)为 38.8%,密码子第 3 位碱基的GC含量(GC3)最低,仅为 29.2%,3 个位置碱基的GC含量均小于 50%,表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子偏好使用A或U.珊瑚菜叶绿体基因组有效密码子数(ENC)为 34.6～54.5,密码子适应指数(CAI)为 0.100～0.270,密码子偏好指数(CBI)为-0.190～0.226,最优密码子使用频率(FOP)为 0.276～0.550,表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性较弱;相关性分析结果表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子第 3 位碱基的组成对基因表达有很大影响.中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析和对应性分析结果表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性受自然选择和突变的共同影响,以自然选择为主;基于相对同义密码子使用度(RSCU)和高、低表达组的RSCU差值(ΔRSCU)共获得 16 个最优密码子,且大部分以A或U结尾.综合分析结果表明:珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性较弱,且主要受自然选择的影响.
Analysis on codon usage bias of chloroplast genome of Glehnia littoralis

Glehnia littoralis F.Schmidt ex Miq.chloroplast genomecodon usage biasoptimal codon

孙月琪、李密密、周义峰

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南京林业大学林草学院、水土保持学院,江苏 南京 210037

江苏省中国科学院植物研究所(南京中山植物园)江苏省植物资源研究与利用重点实验室,江苏 南京 210014

珊瑚菜 叶绿体基因组 密码子使用偏性 最优密码子

国家自然科学基金

31600169

2023

10.3969/j.issn.1674-7895.2023.06.01

植物资源与环境学报
江苏省·中国科学院植物研究所，江苏省植物学会 中国环境科学学会植物园保护分会

植物资源与环境学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.032
ISSN：1674-7895
年,卷(期)：2023.32(6)
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